La médecine fonctionnelle prend en charge le patient de manière globale et personnalisée. Le but est l’identification des causes de dérèglements du corps et la recherche de moyen d’améliorer ces dérèglements, de restaurer l’équilibre afin de retrouver une santé et une qualité de vie adéquate. Il est important de mentionner que la santé ne s’arrête pas à l’absence de maladie mais est selon la définition de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), un état de complet bien-être physique, mental et social. Le patient est considéré comme une entité complète en interaction étroite avec son environnement.

Cette pratique n’est pas empirique, elle est basée sur des preuves scientifiques, sur les connaissances de biochimie et de physiologie humaine.